Aunque la endoscopia capsular puede visualizar técnicamente todo el tracto gastrointestinal desde la boca hasta el ano, está optimizada principalmente para la evaluación del intestino delgado. En regiones con una luz más ancha, como el estómago y el intestino grueso, el rápido paso de la cápsula puede dificultar la obtención de imágenes suficientes y detalladas. La endoscopia y colonoscopia estándar ofrecen al médico la capacidad de expandir la luz del órgano con insuflación de aire, irrigar áreas sucias y examinar a fondo las regiones sospechosas desde varios ángulos. Además, estos métodos permiten intervenciones diagnósticas y terapéuticas como la toma de biopsias y la detención de hemorragias. La endoscopia capsular no proporciona estas capacidades de intervención. Por estas razones, la endoscopia y colonoscopia son generalmente métodos superiores para diagnosticar patologías del esófago, estómago, duodeno, íleon terminal e intestino grueso. Sin embargo, en casos en los procedimientos endoscópicos estándar no pueden realizarse debido a factores como la edad avanzada o comorbilidades, la endoscopia capsular puede ofrecer una contribución alternativa para la obtención de imágenes de estos órganos.