El tratamiento para la embolia pulmonar generalmente dura al menos seis meses. Dependiendo de la gravedad de la condición, una parte del tratamiento puede requerir hospitalización. En los casos donde existen predisposiciones genéticas como la deficiencia de proteína C, la mutación del Factor V Leiden o la deficiencia de antitrombina III, el paciente podría necesitar usar medicación anticoagulante de por vida.