El labio y paladar hendido a menudo pueden diagnosticarse al nacer mediante un examen físico exhaustivo. Una hendidura visible en el labio o el paladar suele ser inmediatamente evidente en el momento del nacimiento. Si bien la ecografía prenatal detallada durante el embarazo a veces puede detectar el labio hendido, ciertas formas menos obvias, como las microformas, pueden ser difíciles de identificar antes del nacimiento. Sin embargo, después del nacimiento, generalmente se puede establecer un diagnóstico claro basándose en la apariencia física del bebé.

El labio hendido y el paladar hendido pueden manifestarse de varias maneras:
* Una hendidura en el labio y/o en el techo de la boca (paladar) que afecta uno o ambos lados de la cara.
* Una pequeña muesca o hendidura en el labio, o una hendidura más extensa que se extiende desde el labio a través de la encía superior y el paladar hasta la base de la nariz.
* Una hendidura en el paladar que no afecta visiblemente la apariencia facial.

Con menos frecuencia, una hendidura puede ocurrir solo en los músculos del paladar blando en la parte posterior de la boca, cubiertos por el revestimiento oral (fisura palatina submucosa). Estos tipos de hendiduras a menudo no son evidentes al nacer. Los signos y síntomas de la fisura palatina submucosa pueden incluir:
* Dificultades para alimentarse
* Dificultades para tragar, lo que potencialmente puede llevar a que líquidos o alimentos escapen por la nariz
* Una voz nasal
* Infecciones de oído recurrentes