La biopsia hepática es generalmente un procedimiento seguro cuando la realiza un médico especialista. Sin embargo, como cualquier procedimiento médico, conlleva un pequeño grado de riesgos inherentes. Los pacientes pueden experimentar dolor en la zona de las costillas y el hombro derecho después de la biopsia. El sangrado es otra posible complicación, aunque se considera un riesgo bajo. Con poca frecuencia, existe riesgo de infección. Muy raramente, un órgano interno como la vesícula biliar puede dañarse accidentalmente. La guía por ultrasonido previa al procedimiento minimiza significativamente estos riesgos.
Si se realiza una biopsia transyugular, puede formarse un hematoma (acumulación de sangre) en el lugar de inserción del catéter, lo que provoca dolor localizado. Ocasionalmente, este procedimiento específico puede afectar los nervios, lo que podría provocar efectos temporales como la caída del párpado (ptosis).