El colonoscopio es un tubo flexible que alberga una cámara integrada y una fuente de luz en su punta. El dispositivo cuenta además con un mecanismo de insuflación de aire para facilitar la visualización detallada del intestino grueso, y un canal de trabajo que permite la extracción de estructuras como pólipos cuando sea necesario. La porción flexible del colonoscopio mide típicamente aproximadamente 60 cm de largo y 1 cm de diámetro.