Der Prozess der Stammzellgewinnung wird in der Regel unter Sedierung durchgeführt, wodurch sichergestellt wird, dass Patienten keine Schmerzen oder Beschwerden empfinden. Selten kann in dieser Phase ein leichtes Druck- oder Engegefühl verspürt werden. Bei der Anwendung der Behandlung werden je nach Methode (Injektion oder chirurgischer Eingriff) geeignete Schmerzmittel eingesetzt.